EPISODE1星矢
幼くして姉と生き別れ身寄りのない主人公・星矢。ある日、未知の力・小宇宙（コスモ）を発動したことで、謎の老人・城戸光政のもとへ連れ去られる。そこで、自分が伝説の“ペガサスの聖闘士”であり、彼の運命は女神アテナを守護し、暗黒の神々と闘うことだと告げられる。将来の選択に迫られる星矢の前に現れたのは、女神アテナを抹殺を目論む科学者ヴァンダー・グラードだった。
EPISODE2コスモを燃やせ
およそ200年ごとに繰り返される神々の壮絶な死闘。その闘いで、戦いの女神アテナを護るために集う女神（アテナ）の聖闘士（セイント）たち。そんな聖闘士の証である聖衣（クロス）を手に入れるため、星矢は苛烈なトレーニングと最終決戦に挑む。その先には、更に恐ろしい銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）も待ち構えていた。
EPISODE3ドラゴン登場
聖闘士の頂点に位置する黄金聖闘士（ゴールドセイント）。黄金聖闘士が纏う黄金聖衣のひとつ射手座（サジタリアス）の聖衣をかけた銀河戦争（ギャラクシアンウォーズ）が始まる。しかし開始早々、青銅聖闘士（ブロンズセイント）・キグナス氷河が、大会の主催者・城戸沙織の暗殺に飛び込んでくる。謎に包まれたこの大会で、星矢は最大のライバルである青銅聖闘士・ドラゴン紫龍と対戦する。
EPISODE4星雲鎖
青銅聖闘士・アンドロメダ瞬とユニコーン邪武の対戦。しかし、その影で恐ろしい敵が迫ってきていた。いち早く邪悪な小宇宙に気づいたアンドロメダ瞬のチェーン。だが、突如襲ってきたグラード軍にその存在はくらまされてしまう。襲い来るグラード軍に立ち向かうため、敵対していた青銅聖闘士たちが、心をひとつにして闘いを始めた。しかし、真の敵はその裏をかいていた。
EPISODE5暗黒聖闘士
最強の青銅聖闘士・フェニックス一輝は、離れ離れになった瞬の兄であった。憎しみの塊と化した一輝はいとも簡単に黄金聖衣を奪取する。謎だらけの状態に、城戸沙織が意を決して真実を語る。彼女こそが女神アテナの生まれ変わりであること。そして、聖闘士を統括する聖域（サンクチュアリ）から命を狙われていること。星矢たちは沙織を守護し、黄金聖衣を取り戻すことを決意。一輝の手下・暗黒聖闘士たちに挑んでいく。
EPISODE6蘇る不死鳥
暗黒聖闘士との闘いで力尽き倒れてしまった星矢。一輝の強さは、彼の悲しい過去により築き上げられたものだった。愛する者を失った喪失感で最強となった一輝は、紫龍や氷河だけでなく、実の妹・瞬までをも容赦なく叩きのめす。死を悟った青銅聖闘士たちの前に、聖衣もなく、瀕死の状態の星矢が駆けつける。最後の闘いが幕を開ける。
EPISODE7白銀聖闘士
噴火の落石により気を失っていた星矢。意識を取り戻すと突然現れた少年・貴鬼により一輝は死んだと聞かされる。一方で、聖域は新たな刺客二人を星矢に向けて放っていた。白銀聖闘士（シルバーセイント）・蜥蜴星座（リザド）のミスティ。そしてもう一人、星矢の恩師・鷲星座（イーグル）の魔鈴を―。
EPISODE8岐路
聖闘士の使命はアテナを守ることだと説き伏せる魔鈴。しかし、星矢は生き別れた姉・星華の行方に心を揺さぶられる。魔鈴は星矢の姉なのか？その正体をめぐって、白銀聖闘士、猟犬星座(ハウンド)アステリオンと白鯨星座(ホエール)のモーゼスとの対決が始まる。
EPISODE9戦え アテナのために！
青銅聖闘士(ブロンズセイント)の仲間との再会を果たし、星矢たちは沙織の元へと向かう。しかし再会に喜ぶ間もなく、烏座(クロウ)のジャミアンに沙織をさらわれてしまう。さらにペルセウス座のアルゴル、地獄の番犬座(ケルベロス)のダンテからも狙われ、青銅聖闘士は試練の時を迎える。
EPISODE10挑戦
ペルセウス座のアルゴルから沙織を守るため、自らを犠牲にした紫龍。幼少期を過ごした街に戻ってきていた星矢は、シャイナと再会する。そこで教皇の命を受けて現れた、圧倒的な強さを誇る黄金聖闘士(ゴールドセイント)・獅子座(レオ)のアイオリアと対峙することとなる。
EPISODE11予言
これまで沈黙を続けてきたヴァンター・グラードがついに動き出した。そんな中、沙織は予言と自分自身の未来についての悩みを星矢に打ち明ける。その時グラードが現れ、沙織は連れ去られ、ついに沙織とグラードは一対一で対峙する。
EPISODE12終焉と始まり
星矢たちは沙織を救い出し、暗黒聖闘士(ブラックセイント)との闘いから、間一髪で脱出に成功する。しかし、グラードはさらなる最終兵器を持って星矢たちを待ち受けていた。グラードとの最終決戦の影で、聖域(サンクチュアリ)との新たな戦いの始まりが音も無く忍び寄っていた。
